نگرانی بهشتی از گسترش تشکیلاتی شورای رهبری
جعفر شیرعلی نیا: «آقای تهرانی! شورای رهبری را آن‌قدر وسیع نکنید که مجبور باشد برای خودش تشکیلات و ساختمان و کارمند داشته باشد. ما اگر بخواهیم در قانون اساسی، شورای رهبری را در همه امور دخالت بدهیم، باید در حقیقت یک دولت سومی در کشور به وجود بیاوریم.»
این جمله‌ها را بهشتی هنگامی گفت که در جلسات تدوین قانون اساسی در مجلس خبرگان قانون اساسی، شیخ علی تهرانی پیشنهاد داد در اصل هشتاد قانون اساسی بحث وام‌های دولت علاوه بر تصویب مجلس به تایید شورای رهبری هم برسد.
سخنان بهشتی در مجلس خبرگان قانون اساسی تاثیر زیادی در تثبیت اصل ولایت فقیه داشت هرچند در بحث اختیارات ولایت فقیه نقش بهشتی با بسیاری از طرفداران اصل ولایت فقیه متفاوت بود.
به عنوان نمونه درباره رییس دیوان عالی و دادستان کل کشور، با نصب مستقیم توسط رهبری موافق نبود و معتقد بود شخصی که از سوی اکثریت قضات انتخاب می‌شود با تایید رهبری منصوب شود. طاهری خرم‌آبادی اعتراض کرد که چرا دست و پای رهبری را بسته‌اید که از میان کسانی که مورد تایید اکثریت قضات هستند انتخاب کند. بهشتی گفت: «چه اشکالی دارد؟» منیرالدین حسینی گفت انتخاب از پایین به بالا در قوه قضاییه خلاف شرع است و رهبر را در مضیقه قرار می‌دهد. بهشتی شرح داد که این روش بهتر است.
بهشتی معتقد بود رهبری اقداماتش را از طریق قوای سه‌گانه و مجاری پیش‌بینی‌شده در قانون اساسی دنبال کند. هنگامی‌که بحث حضور نماینده رهبری در شورای اداره صداوسیما مطرح شد با اشاره به همین منطق تاکید کرد: «اگر واقعا بخواهیم این طرحی را که در قانون اساسی برای اداره مملکت داریم به ثمر برسد، صحیح این است که رهبر در هیچ جای دیگری مستقیما وارد دخالت نشود.» صداوسیما زیر نظر سه قوه تعریف شده بود و منتظری گفت پس یک جای پایی برای رهبری بگذارید و بهشتی گفت هر سه قوه که این‌جا گذاشته شده جای پای رهبر است. او معتقد بود با افراد دستگاه‌ها باید تفاهم و گفتگو کرد و با زور نمی‌توان در مملکت کاری کرد.
